先叙述文章的缘起，“新语丝上刊发了一篇关于药物设计的文章，指出了计算机辅助药物设计的很多问题，有些切中要害，有些则不着边际。看得出作者对药物研发有一定的了解，但是对计算机辅助药物设计却所知甚少。”从这里我们可以知道，这是一篇澄清式的文章。然后作者分了几个部分来讲。

1. CADD的方法
2. CADD在药物研发中的应用
3. 关于CADD的有效性
4. 一些错误的观点
5. 结论

具体内容请参看原文，这里只总结一下结论：

• 现阶段计算机辅助药物设计方法还有不可能完全独立于试验方法之外在药物研发中独当一面。仅仅依靠理论方法就可以进行药物研发的想法是完全脱离实际的。
• 当前理论模拟的意义在于，合理地选择计算方法确实可以：
  1. 减少试验的盲目性
  2. 提高试验效率
  3. 降低药物研发成本

作者最后指出计算机辅助药物设计的趋势：

从长远来看，随着理论化学方法的发展和完善，计算科学的迅速发展，依靠理论方法准确计算出药物分子的所有性质是完全可以做到的，这将极大地加速药物研发的速度，降低其成本，这也正是各大制药企业设置计算模拟部门的最大动力。看似可有可无的模拟部门，并不是大公司锦上添花的辅助性部门，而是抢占商业制高点的长期投资。